La ciudad creció al impulso de la industria frigorífica.
Un 16 de abril de 1859 se fundó Fray Bentos en el entonces departamento de Paysandú, y la fecha obedece a la nominación dada al lugar de Villa Independencia. Hay registros históricos anteriores que ya daban cuenta de las Barrancas de Fray Bentos.
La leyenda establece que en esta zona vivió un frayle «Bentos» pero la evidencia histórica no es contundente. El lugar como centro poblado creció por la necesidad de Gualeguaychú de tener un puerto de más calado y ya desde 1855 comenzaron a asentarse en la zona pobladores, entre ellos José Hargain que estableció una hostería.
En 1861 se instaló la Liebigs, fabrica alemana de extracto de carne, que comenzó a crecer y fue un verdadero ejemplo de la revolución industrial. Con las consecuencias de ls primera guerra mundial la Liebigs se convirtió en Anglo y allí llegó el auge, donde Fray Bentos y el corned beef fueron la cocina del mundo en la segunda guerra mundial.
Finalmente en los 80s cierra el Anglo definitivamente y el crecimiento de Fray Bentos tuvo un golpe importante. La llegada de Botnia volvió a revitalizar a la ciudad como un lugar obrero mas que emprendedor. La nominación de sitio patrimonial de la humanidad por parte de la Unesco al frigorífico y barrio Anglo en julio de 2015, es otro de los hitos de la ciudad.
